１９９０年、サモア諸島東南の海底から出現した『オウストラル新島』。が、間もなく島はまた海底へ没し地図からも消去された。しかし、沈んだはずの島は隣接する『オウストラル島』と陸続きとなって存在していた。実は国際コングロマリット(複合巨大企業)"GAIL"が各国と共謀し、島に眠る"秘密"発見のために行った偽装工作だったのだ。だが、この人為的に隠された秘密に気づいた者達がいた。
　田神悠宇の父親も"秘密"を研究をしていた学者だった。父の死後、ニューヨークに住む父の友人ドクター・ウェイブを訪ねた悠宇は、彼のアパートで、突然"GAIL"に命を狙われるが、「船長」と名乗るウェイブの友人の手引きで、ウェイブ、ウェイブの妹ドリスと共に"GAIL"とレイディ・リンクス率いるギャング団"クーガー・コネクション"の追跡を逃れつつオウストラル島に渡る。
　オウストラル島を目の前に、一行の船に襲いかかる謎の巨大怪物。海に放り出された悠宇が打ち揚げられた場所は、正しくオウストラル新島だった。だが、またも現われる謎の怪物。絶体絶命！と思った時、突然現われた青い巨人型ロボットが怪物を破壊、悠宇を救う。初めて出会う人智を越えた存在にも関わらず、何故か暖かさと懐かしさを感じた悠宇は、このロボットと行動を共にすることにする。
　一方、ウェイブ一行は"GAIL"に対抗する島のゲリラ、アロイ少年やそのガールフレンドのサラ、兄貴分のトメニク等と共に、水陸両用車輌"キャリアビーグル"で悠宇の捜索に出発し、島の住民から"神の使い"と呼ばれる巨人と共にいる悠宇と再会。ドリスの一言から、以後"ゴーグ"と呼ばれる様になった巨人の導きのもと、ロッド・バルボア率いる"GAIL"の戦闘部隊の追撃を躱しながら、最終目的地"馬の鞍"に辿り着き、地下に隠されていた異星文明の遺跡と、異星人マノンに出会う。
　３万年の眠りから目覚めたマノンが悠宇との出会いに喜悦したのも束の間、マノンは"GAIL"の蛮行に怒り、人類を支配しようと巨大人型ロボット"ガーディアン"群を操る。必死に止めようとする悠宇だが、ついには仲間を守るため、ゴーグと共にマノンとその専用ガーディアンに対峙することとなる。
　実はＣＩＡの依頼で島の秘密を探っていた船長は、異星人文明が人類の脅威になると報告。各国政府はオウストラル島消去を決断し"GAIL"のプロジェクトは失敗に終わる。
　ゴーグと共に雲霞の如く襲いかかるガーディアンに立ち向かう悠宇の姿に、マノンは確信を持つ。まだ人類が文明を持たなかった昔、禁を犯して人類との融和を計った親友のマシウスを守るため、マノンの弟ゼノンはゴーグとともに自分の許を去った。そして、悠宇がマシウスの血を受け継ぐ最後の一人だからこそ、ゼノンの意思を守るゴーグは悠宇を守っていたのだと。
　各国から発射された核ミサイルが次々とオウストラル島に着弾する。しかし、マノンが出現させたバリアによって島は守られた。悠宇に未来を託し、無益な争いを防ぐため、マノンは自らの手で島を沈下させた。
　消え行く島の中へと歩み去るゴーグ。悠宇はゴーグとの再会を誓って島を後にするのだった。