考古学者、田神博士の遺児、田神悠宇少年は、父の遺書を手に、ニューヨークに住む同じ考古学で父の旧友ドクター・ウェイブを訪ねた。しかし、やっと辿り着いた先は今にも崩れんばかりのボロアパート。その上、ウェイブは"ドクター"のイメージからかけ離れたチンケな男。思わず今後の生活に意気消沈する悠宇。
　同じ頃、遠からぬオフィス街に一際抽んでた超高層ビルを構える巨大企業"GAIL"の一室では、御曹司ロッド・バルモアが南海の孤島"オウストラル島"支社への配属を祖父のロイ・バルボアから言い渡されていた。オウストラル島とは、十数年前に地殻変動で浮上し、又すぐに沈んだと伝えられる謎の島で、悠宇の父がウェイブと共に隠された謎を持つと睨んでいた島である。
　突如、ボロアパートを狙う鉄球。"GAIL（ガイル）"が悠宇達を殺そうとしている。命からがら逃れる悠宇、ウェイブ、その妹ドリスと犬のアルゴス。
　折りしもハロウィーンの夜。仮装して脱出を図る一同。しかし、"GAIL"の刺客ジェフの放った銃弾が悠宇達を襲う････。

　一同の危機を救った船長と名乗るウェイブの知人は、頼りになる凄腕の男だった。しかし、得体の知れぬ雰囲気を持つ船長に悠宇は困惑する。
　追手の裏をかき、西に向かうハイウェイ・バスでアメリカ脱出を図る悠宇達だったが、途中のラスベガスで国際ギャング団"クーガー・コネクション"のレイディ・リンクスの手に堕ちる。"GAIL"に恨みを持つレイディもまた、オウストラルの秘密を狙っていたのだ。
　悠宇達を乗せたレイディ達の偽ハイウェイ・バスを追って、デスバレーを疾走する"GAIL"のコンボイ群。それを追う、船長のキャンピング・カー。
　壮絶なカーチェイスと銃撃戦を繰広げるレイディと"GAIL"の刺客ジェフ達だが、地形を利用し、岩の崩落によって追手を一網打尽にした船長は、見事一同を救い出す。しかし、悠宇は水際立った働きをする船長の正体を不可解に思うのだった。

　無事サモア島へ着いた一行は、船長の怪しげな手引きでパゴパゴ市に住むデイの家に身を寄せ、嵐に乗じてオウストラル島に向うという計画を聞かされた。しかし、執拗な"GAIL"の追手は、観光客に紛れる悠宇達に襲い掛かった。死闘の末、船長は刺客のジェフを冷徹にマグナムで撃ち殺すのだった。
　嵐の中、敵弾を潜って出港する一同の小船。船長が危険を冒してまでしてオウストラル島に行く理由が分からない悠宇は、その真意を知ろうと船長に詰め寄る。
　突如響く爆発音。悠宇達が見たのは炎上して沈没する"GAIL"の船だった。そのとき、悠宇の乗る船を巨大な謎の怪物が襲う。転覆する船から海に投げ出された一同の前に、ついにオウストラル島がその姿を現わす。

　怪物の出現で皆とはぐれ、一人オウストラル新島へ流れ着いた悠宇。一時は途方に暮れるが、アルゴスに力づけられ、ドリス達を求めて、旧島へと歩み始める。
　一方、旧島で指導者ホツ・マツアに率いられ"GAIL"との戦いの日々を送っていた島民ゲリラのアロイとサラに"GAIL"と間違われて拉致されるドリス達一同だったが、船長の機転でロッドやその配下のゴトーの乗る哨戒機に手傷を負わせ、信用を取りつける。
　海岸で再び先の怪物に襲われる悠宇。しかし、その時、青い謎の巨人ロボットが現れ、その驚異的なパワーで怪物を倒す。信じられない光景に、恐れと驚愕で茫然としたままの悠宇に向かってゆっくりと歩んで来た巨人は、静かに悠宇の前に跪き、その巨大な手を差し伸べる。穏やかな輝きを放つ巨人の眼差しは優しさに充ちていた。悠宇と青い巨人の間に流れる暖かな感情。言い知れぬ安堵感を憶えた悠宇は、巨人に身を任せて歩き出すのだった。

　船長や島民のゲリラ戦法は、報復戦に出た"GAIL"を見事に敗退させるが、血気に逸った行動を嫌う長老達は、新島に出発しようとする船長達を軟禁した。しかし、一行は長老達の消極的な行動に反発を抱くアロイやその兄貴分、トメニクの手引きで、万能戦車"キャリアビーグル"を操り脱出、"GAIL"の追撃をも振り切って新島を目指す。
　旧島の火の手に、一行の身を案ずる悠宇の心配を他所に、悠宇を頭上に乗せ"GAIL"の監視網に立ち向かう巨人。
　巨人の存在を自ら初めて確認したロッドは、その頭上に人の姿を見る。それは彼がニューヨークで見かけた少年だった。あの少年は一体何者なのか････。
　戦い続ける巨人。その圧倒的な強さに戦慄する"GAIL"。島民が"神の使い"と呼ぶ青い巨人"ゴーグ"は悠宇を何処に導くのか････。

　現在の攻撃力ではまったく巨人に歯が立たぬと悟ったロッドは一時退去を命令し、兵器の補強と、頭上に居る謎の少年についての調査を本部へ依頼した。
　一方、新島に向っていた一同は"GAIL"の監視網を抜けてオウストラルに上陸したレイディ達に出会い、これを撃退する。
　真昼の陽射しを避け火口で休む悠宇に向かって、巨人は自分の左胸部を開けた。中には、まるで眠っているかのように整然と座る異文明人の遺骸。が、それは見る間に風化し、崩れ落ちて塵となった。遺骸は一体誰でいつから中にいたのか。驚き、戸惑いつつも共に行くことを決めた悠宇を頭上に乗せ、巨人が再び歩み始めた時、アルゴスに案内されたキャリア・ビーグルが現れる。互いを敵と身構える両者を緊迫感が包む。しかし、巨人の上に悠宇の姿を見つけたドリスがビーグルを飛び出した。
　自分を己の手に乗せて悠宇と引き会わせた巨人を、ドリスは"ゴーグ"と呼ぶ。「そうか、ゴーグって････言うのか。」悠宇は巨人の名を初めて知るのだった。