ドリス一行との合流を果たした悠宇は、ゴーグの歩みがある場所を目指していることを知る。しかしその先には、ベームの指揮する"海坊主"と呼ばれる"GAIL"の前進基地が立ち塞がっていた。
　戦いを避けようとゴーグに乗り込む悠宇だが、呼び掛けにも歩みを変えぬゴーグは激しい砲弾の中を海坊主に向けて直進する。
　しかし"GAIL"の銃弾が悠宇を傷つけた時、ゴーグは怒りに咆える。悠宇を安全な体内に移すと、その言葉に応じ、海坊主を迂回するゴーグ。だが、その時、海坊主から発射された強力なミサイル群が足元のカルスト台地を崩した。大陥没に沈むゴーグ達の運命は････。

　"GAIL"の執拗な攻撃から逃れる為、カルスト台地の地下洞深く進む、キャリア・ビーグルとゴーグ。しかし、地下にまで張り巡らされた"GAIL"の捜査網に一同は苦戦、窮地をゴーグに助けられるものの、ビーグルの燃料も底をつき始めていた。
　燃料補給の為、地上への出口を捜す一同は、偶然にもヘッケル博士が調査を進めていた"GAIL"の巨大な遺跡発掘坑に突き当たる。ここなら燃料の補給ができると判断した船長は、突然の珍入者に混乱する遺跡発掘部隊を襲う。
　必死に応戦する発掘部隊を相手に白兵戦を仕掛ける船長達。銃を扱いなれたアロイと違い、初めての銃撃戦にとまどう悠宇だが、ゴーグの助けもあって補給は成功、一同は再び洞窟の奥深くへと進むのだった。

　地底深く、ひとまず休息の場を見つけた一同は、キャリア・ビーグルの修理にかかる。一方、学者であるウェイブは、辺りに興味深々、一人勝手に洞窟探検に出かけて行方不明になる。ドリスの心配を察して捜しに出る悠宇とアロイだったが、リーダー・シップを取るアロイの勘違いや巨大なミミズ群との遭遇ですっかり迷ってしまう。しかし、いつしか悠宇にライバル意識を持っていたアロイは、悠宇を臆病者と嘲笑い、二人は一触即発････、というその時、不気味な化け物が二人を襲う。必死に戦う二人はなんとか化け物を撃退し、互いを認め合う存在となるが、帰り道を見つけられず途方に暮れる。
　しかし、悠宇の危機を察知したゴーグの導きによって、二人は皆のもとに無事帰りつくのだった。

　ゴーグ捕獲の為、本部からの増援と共に新しく赴任したオドンネル大佐は、ゴーグ達をダークベイと呼ばれる奥まった入り江に追い詰める作戦に出る。退路を絶たれた悠宇達一同は、オドンネル大佐の裏をかき、決死の断崖降下を試みるが、血気に逸ったアロイのミスで湾内に転落してしまう。なんととか無事だったものの、キャリア・ビーグルは損傷、ゴーグも静止。湾内を捜索する"GAIL"の捜索船の目をなんとか逃れつつビーグルの修理を行うこととなる。
　責任を感じて、サラと共に旧島の仲間のもとに助けを求めに走るアロイの後を追う悠宇だが、湾の奥から"GAIL"の船員達が恐れる咆哮が、不気味な影と共に迫る。　怪物の触手から必死に逃げる悠宇の運命は････。

　巨大なクラゲ型の怪物に襲われた悠宇の危機を救ったゴーグは、不気味な声の響く湾の奥へと進み始める。不気味な声の正体が波の反響音だと判明するも、目の前に現れた洞窟への前進を躊躇する一同。
　一方、やっとの思いで旧島に辿り着いたアロイ達の願いにも長老達は腰を上げようとしない。そこへ協力を申し出る意外な"客人"。それは悠宇を追う、レイディの一味だった。
　破壊された怪物の残骸を発見し、有頂天になる"GAIL"の包囲網を逃れて、ゴーグに導かれ、明らかに人工と判る隠されたトンネルを進む一同の前に煌めく一条の光。それは地上へと続く出口だった。我先にと出口へ向う一同の前に現れたのは大自然が作り出す美しい光景だった。