“GAIL”タウンに運ばれ、無抵抗のまま調査を受けるゴーグ。だが、その身体はダイヤモンドドリルですら傷ひとつ付けることが出来ず、学者達は途方に暮れる。　一方一同から引き離された悠宇は、必死にマノンの存在と彼との和解を訴えるが、ロッドは子供の戯言として耳を貸さず、悠宇とゴーグの秘密を解き明かそうと悠宇にも検査を強いる。
　同じく拉致されたウェイブは、かつて悠宇の父の下で共に学んだヘッケルが、“GAIL”の手先となっていることに憤るが、なす術もなく、ただ手をこまねいているしかなかった。
　一人“GAIL”の手を逃れている船長に一縷の望みを繋ぐ一同でもあったが、その頼みの綱の船長も何故か投降し、捕われてしまった。
　冷酷な医学検査の苦痛にゴーグの名を呼び続ける悠宇。その叫びに呼応するかのように、検査台に拘束されていたゴーグは全てを引きちぎって立ち上がる。

　悠宇の叫び声に応えて動き始めたゴーグは、タウンに駐在する“GAIL”部隊の攻撃を跳ね返し、行く手を阻むものを次々と破壊して悠宇の許へと前進する。
　騒ぎに乗じて脱出し、ドリス、ウェイブを助け出した船長は、ロッドの意向を無視したゴトーの手により、悠宇が“GAIL”本社へと連れ去られようとしている事を知る。しかし、時すでに遅く、意識のない悠宇を乗せた輸送機はニューヨークに向けて離陸を開始した。が、ようやくことの重大性にその腰を上げたホツに率いられた旧島ゲリラの攻撃で輸送機は離陸に失敗。無事に救出された悠宇は、自分を助けるために“GAIL”と戦い続けてくれたゴーグの許へと走り寄る。静かな唸りを発してゆっくりと悠宇に手を差し延べるゴーグ。その姿に、悠宇とゴーグの強い絆を思い知る一同。しかし、第一火口の噴火と共に突如出現した無数のラブル・ガーディアンの姿に戦慄が走る。

　タウンに迫るラブル・ガーディアンの群れに必死に攻撃をかける“GAIL”だが、ラブル・ガーディアンの足並みは一向に乱れず、不気味な行進を続ける。保身に走る本部からバックアップを断られたロッドは、基地のオイルタンク群を爆破しガーディアン達の一掃を目論むものの、傷一つ付蹴ることが出来ない。成す術を失ったロッドはゲリラと共に事態を見守る悠宇の元を訪れ、ゴーグに協力を要請する。
　身勝手な言い分に激怒し、ロッドにつかみ掛かる悠宇だったが、それでも大切な仲間達を守る為にゴーグと共にラブル・ガーティアンの前に立ち塞がる悠宇。
　事態の重大さに、本来の目的の為に動き出す船長。実はCIAに雇われ、島の秘密を探り出す役目を担っていた船長は、レイディを人質に基地内の通信室を占拠してCIAに連絡をとる。
　マノンに呼び掛けながらもガーディアン部隊と必死に戦う悠宇とゴーグ。オウストラルの運命が今、変わりつつあった。

　船長の連絡によりオウストラルの秘密を知った各国は、異星文明が人類の益にならないと言う判断を下し、島を抹消する為、核による攻撃を決定。
　プロジェクトの失敗を悟った“GAIL”の会長ロイ・バルボアは衝撃のあまり、半ば廃人と化してしまう。
　島で興亡を続けるロッドは、脱出を勧める本社の言葉を無視し、この事件を自らの手で決着させようと決意、“GAIL”という組織を越え、レイディ、ベーム達と共に、次々と脱出するスタッフを横目に、島の抹消を阻止すべく、核攻撃を止めなければオウストラルの秘密を全世界に明かすと首脳陣を脅しにかかる。
　一方、悠宇の呼び掛けについに答えたマノンだが、ガーディアン部隊と戦いながらも必死で自分とのコンタクトを取ろうとした悠宇の心を解そうとはしない。そして彼が地球支配に乗り出そうとした時、オウストラル島火山が爆発。突如ガーディアンの群れは撤退を始めた。